İSTANBUL (AA) – HATİCE ŞENSES – İstanbul Medeniyet Üniversitesi Rektör Yardımcısı Prof. Dr. Sadrettin Pençe, Türkiye'de SARS-CoV-2 virüsünün sıkı takiple izlenerek periyodik olarak dizilenmesi ve bu sekans verilerine göre yerli ve milli kitlerin geliştirilmesinin çok önemli olduğunu belirterek, "Ülkemizdeki bilim insanlarına çok önemli görevler düşüyor ve inanıyorum ki hep birlikte edindiğimiz bilgi ve tecrübe ile kendine yeten bir ülke olarak bu salgından başarı ile çıkacağız." dedi.
Prof. Dr. Pençe, AA muhabirine yaptığı açıklamada, yürütücülüğünü üstlendiği çalışma kapsamında yeni tip koronavirüs (Kovid-19) genom mutasyonlarının izlenmesi, mutasyonlara karşı tanı testlerinin performansının gözden geçirilmesi ve aynı zamanda aşı geliştirilmesi gibi konulara katkı sağlamayı hedeflediklerini belirtti.
Proje kapsamında, Türkiye'de üç Kovid-19 hastasından izole edilen virüs genomlarının son nesil yüksek veri çıkışlı dizileme platformları kullanılarak yüksek derinlikte sekanslandığını ifade eden Pençe, Türkiye'de görülen Kovid-19'un genomik varyasyonlarını, tiplerini, bugüne kadar sekanslanmış genomlar ile filogenetik ilişkilerini ve varyasyonların viral protein modellemelerini etkileyip etkilemediğini belirlemeyi amaçladıklarını söyledi.
Pençe, bu hedef doğrultusunda virüs örneklerinin yaklaşık 30 bin nükleotidden oluşan tüm genom dizilemesini gerçekleştirdiklerini dile getirerek, "Üç yeni genom verisini dünyanın en büyük genom veri depolama platformlarından biri olan NCBI veri bankasına ekledik ve ülkemizden izole edilen bu üç viral genomun dünyanın hangi bölgesine daha çok benzediği, hangi ülke kaynaklı olabileceğine dair bilgiler verdik." diye konuştu.
– "Çalışma sonucunda virüsün mutasyon geçirdiği gözlemlendi"
Türkiye'nin PCR testinde Çin kiti kullanmadığını hatırlatan Prof. Dr. Pençe, çalışmada, Vuhan kaynaklı referans virüs genomu ile yapılan karşılaştırmaların virüsün geçirdiği mutasyonlar ile bu mutasyonların virüsü nasıl etkilediği noktasında bilgi verdiğini belirtti.
Pençe, elde edilen büyük verilerin son nesil biyoenformatik araçlar kullanılarak birleştirildiğini ve her bir virüs örneğine ait genom sekans bilgilerinin oluşturulduğunu söyledi.
Pençe, çalışma sonucunda virüsün mutasyon geçirdiğinin gözlemlendiğini ve bu mutasyonların olası protein fonksiyonlarına etki edip etmediğinin protein modelleme çalışmalarıyla tespit edildiğini aktararak, şu bilgileri verdi:
"Bu mutasyonlardan birinin, Çin Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezi tarafından paylaşılan Kovid-19 virüsüne özgü diziyi tanıyan RNA parçacıklarının bağlanma bölgesinde (Nucleocapsid geni) olduğu bildirildi. Bu mutasyonun tanımlanması ile birlikte ekibimizce dünyada kullanılan tanı kitlerinde bu bölgenin kullanılıp kullanılmadığı ayrıntılı olarak araştırıldı.
Araştırmalar neticesinde Çin Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezi tarafından ve ayrıca Dünya Sağlık Örgütü internet sayfasından da paylaşılan virüsün tanısında kullanılabilecek sekans dizisinin ülkemizde kullanılamayacağı ortaya çıktı. Bu dizilerin kullanıldığı birçok tanı kiti var. Bu önemli veri sonucunda ilgili primerleri (RNA parçacıklarını) kullanan tanı kitleri ülkemizde kullanılamaz, aksi halde pozitif hastadan negatif sonuç alınacaktır. Kısaca Kovid-19'da primerlerin bağlandığı genlerdeki mutasyon tespiti çok önemli. Tüm bunlar gösteriyor ki ülkemizde SARS-CoV-2 virüsünün sıkı takiple izlenerek periyodik olarak dizilenmesi ve bu sekans verilerine göre yerli ve milli kitlerin geliştirilmesi oldukça önem taşıyor. Ülkemizdeki bilim insanlarına çok önemli görevler düşüyor ve inanıyorum ki hep birlikte edindiğimiz bilgi ve tecrübe ile kendine yeten bir ülke olarak bu salgından başarı ile çıkacağız."
